生物安柜如果使用不當，其防護作用就可能大大受到影響。
生物安柜中不需要紫外燈。如果使用紫外燈的話，應該每周行清潔，以除去可能影響其殺菌效果的灰塵和污垢。
在生物安柜內所形成的幾乎沒有微生物的環境中，應避免使用明火。
實驗室中要張貼如何處理溢出物的實驗室操作規則，每位使用實驗室的成員都要閱讀并理解這些規程。
在安裝時以及每隔定時間以后，應由有資質的業人員按照商的說明對每臺生物安柜的運行性能以及整性行認證，以檢查其是否符合家及際的性能標準。
由于剩余的培養基可能會使微生物生長繁殖，因此在實驗結束時，包括儀器設備在內的生物安柜里的所有物品都應清除表面污染，并移出安柜。
生物安柜在移動以及更換過濾器之前，清除污染。
在使用生物安柜時應穿著個體防護服。
可以在兩種警報器中選擇種來裝備生物安柜。
實驗室選擇生物安柜時應詳細了解從事傳染性微生物作中的生物安別所包括的主要要素，根據給個人、環境、社會提供的保護情況選取不同別的生物安柜。
生物安：適合用于非常熟悉的病源，該病源不會經常引發健康成人疾病，對實驗人員和環境潛在危險小，實驗室沒有和建筑物中的般行走區分開，般按照標準的分生物操作在開放的實驗室臺面上開展作。不要求般也不使用殊的抑制設備和設施（生物安柜）。
生物安二：適合于對人和環境有中度潛在危險的病源。區別在于：①實驗人員均應接受過病源處理方面的殊培訓，并由有資格的作者導。②行實驗時限制入實驗室。③對于污染的銳器應別注意。④某些可能產生傳染性氣溶膠或飛濺物的過程應在生物安柜中或其他物力抑制設備中行，可選用Ⅰ、Ⅱ生物安柜。
生物安三：應用于臨床、診斷、教學、研究或者設施，在該別中開展有關內源性和外源性病原的作。若因暴露而吸入該病原會引發嚴重的可能致死的疾病。實驗人員應在處理致病性的可能使人致死的病原方面受過業訓練，并由對該病原作有經驗的有資格的作者監督。所有與傳染源操作有關的步驟都在生物安柜或其他物理抑制裝置中行，選用二或二以上生物安柜，實驗室需要殊和施，室內為負壓。
生物安四應用于對生命有度危險的危險性病原或外源性病原。可通過氣溶膠而致實驗室感染或未知傳染風險，且引起致命的有關病原，應選用三生物安柜及正壓防護服，如SARS病毒對人或環境具有中度潛在危險，對攜帶該病毒的患者樣本處理均應在生物安二或二以上實驗室中行，為了對操作人員和環境及樣品均提供有效的保護，實驗室應選用二以上或排風式生物安柜
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